联合开发的项目是单独进行清算还是合并进行清算

问题详细内容：某房地产开发企业甲公司与其他单位乙公司联合开发房地产项目，甲公司出土地，乙公司出资金，开发产品三七分成。项目建成后，甲公司在土地增值税清算问题上存在疑惑，在合作建房方式下，是仅对甲公司分得的产品销售收入以及土地成本单独进行清算，还是与联合开发方乙公司合并清算？即计算整个项目的收入与全部开发成本进行土地增值税清算，确定应纳税金，然后在税金总额内由甲公司与联合开发方的乙公司进行分摊？
答：合作建房，是开发商在土地实施“招、拍、挂”之前拿地的重要途径之一，利用这种方式开发的房地产项目清算中需要准确把握政策的核心内容。特别是联合开发的协议约定以及项目立项的办理方式，针对甲公司的问题，应该区分不同情况处理。
第一种情况，联合开发双方分得房屋自用，根据《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995] 48号）的规定，对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税，建成后转让的，应征收土地增值税。若开发双方取得的房屋自用，暂免征收土地增值税。若对外销售，就要按规定计算缴纳土地增值税。
第二种情况，甲公司以土地使用权作价对乙公司进行投资或联营，以乙公司名义为主体进行开发，则甲公司应按照“转让土地使用权”进行土地增值税清算。
第三种情况，甲公司出地，建成后按比例分享三成开发产品，以甲公司为开发主体并且建成后进行销售处理，在纳税处理上就应当以甲公司为主体，以整个项目为单位进行土地增值税预征和清算。对联合开发方乙公司来说，相当于用资金换取甲公司建好的房产，甲公司相当于提前收取了联合开发方乙公司的预售款。甲公司分配给联合开发方乙公司的开发产品应按照公允价值计算缴纳土地增值税，公允价值可按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006] 187号）第三条第（一）款的要求确认，即：房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：(1)按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；(2)由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。因此，贵单位应开具销售不动产发票给联合开发方。