请问一个问题:A公司是运输公司,B公司是一家生产企业,2019年9月,A公司应收B公司运费2万元,因某种原因A给B公司实际开发票2.5万,也就是多开了。2020年6月,B公司的往来账多付了,现在应该如何操作?