土地增值税清算申报中土地返还款应如何处理

案情简介：近期，税务机关在对某房地产开发有限公司实施检查时发现，该企业通过招拍挂方式取得A土地的使用权，同时，政府与该企业签订了补充协议，对企业支付的A土地的出让金进行财政返还。在土地增值税清算申报时，企业根据其出让合同约定的土地出让金总额填报取得土地使用权所支付的金额。税务机关认为该企业地价款申报有误。

税法分析：《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）规定：取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。江苏省地方税务局《关于土地增值税有关业务问题的公告》（苏地税规[2012]1号）规定：纳税人为取得土地使用权所支付的地价款，在计算土地增值税时，应以纳税人实际支付土地出让金（包括后期补缴的土地出让金），减去因受让该宗土地政府以各种形式支付给纳税人的经济利益后予以确认。本案中，该企业取得土地使用权所支付的地价款应为出让合同约定的地价款扣除政府财政返还款后的余额，税务机关对该企业取得土地使用权所支付的金额进行了调整，并将审核结果书面通知企业，要求企业在规定的期限内补缴税款。